企業申請第三方審核認證，首先要提出審核申請，并提交體系文件和有關資料，根據體系文件和有關資料，審核機構開始進行文件預審以及有關的準備工作。根據審核準備情況開始現場審核，然后對審核結果進行評審，評審通過后即可頒發證書。取得認證證書后，在第一年內進行兩次，以后每年進行一次監督審核。ISO14001認證證書有效期為三年，三年后要對企業的環境管理體系進行重新審核以保持其認證資格。
　　企業為什么要實施ISO14001標準
　　1、來自國際上的壓力：隨著環境問題的日益突出和世界經濟一體化的進程，環境保護工作趨于全球化。國際社會對環境保護的要求越來越高，越來越強，而且環境保護的要求已經開始影響到經濟發展和國際貿易，客商的要求已不僅局限于產品的質量，而且逐步擴展到環境保護，因而產生了“綠色貿易壁壘”。ISO14001證書已被國際社會所認可，并且在經濟交往和貿易中逐步發揮出它的作用。獲取ISO14001證書，企業可以提高自己的形象，降低環境風險，增強在國際市場競爭中的優勢。
　　2、來自國內的壓力：在經濟發展到一定程度的今天，中國政府進一步加強了對環境保護的要求，原來以犧牲環境為代價，換來經濟發展的傳統經濟模式將被取代，那些只顧生產而不治理污染的企業將被關閉。國務院關閉“十五小”企業的實例已證明這一點，2000年達標排放的要求又進一步說明了這一點。實施環境管理體系，使企業不同層次的人員受到各種培訓，了解到自身的環境問題、環境的內在價值、環境保護對企業的發展和社會的重要性，增強了企業人員工作的責任感，提高了人員的素質和工作技能，從而提高了企業的生產力水平。
　　2、提高管理水平：ISO14001認證的要求，其效應日趨明顯。實施ISO14001認證，不但順應國際和國內在環保方面越來越高的要求，不受國內外在環保方面的制約，而且可以滿足當今經濟體制和經濟增長模式的要求，擠身于現代經濟發展的浪潮中，而不被淘汰。此外，國內外對實施ISO14000的企業在政策和待遇方面給予的鼓勵和優惠，會有利于企業良性和長期的發展。