二、HACCP重點用于控制顯著危害 
    在HACCP研究過程中，HACCP僅針對顯著危害，只把重點放到那些可能發生或一旦發生對消費者將導致不可接受的健康危害，而不是試圖控制所有的危害。企業的良好衛生狀況是保證食品安全衛生和成功地實施HACCP的基礎，只有與GMP、SSOP有機結合，HACCP才能更完整、更有效、更具有針對性，才能獨立形成一個完整的質保體系。在具體實施過程中，SSOP側重于解決衛生問題，HACCP更側重于控制食品的安全性，SSOP既能控制一般危害又能控制顯著危害，而HACCP僅用于控制顯著危害。 
    三、HACCP研究中接受水平的確定 
    可接受水平是用來保證一個生產操作生產出安全產品的界限，即是指經過對已確定的顯著危害的步驟控制，使得最終產品具備安全性。具體來說，可接受水平應使成品不低于國家限量標準，在實際操作過程中，企業應根據成品的國家限量標準，制定出每一個危害的可接受水平。在HACCP研究過程中，可接受水平用于判定關鍵控制點，而關鍵控制點確定后，關鍵控制點所涉及的可接受水平即轉化為關鍵控制限量。 
    建立HACCP系統后應注意的問題 
    一、HACCP必須得到有效實施 
    HACCP必須得到有效實施，任何不正常的運轉程序只會使HACCP陷于不作為或癱瘓。日本雪印牛奶污染事件的發生就是印證。該公司HACCP實施的程度極低，如HACCP要求生產線要每天進行水洗、每周進行1次手洗殺菌處理等嚴格的衛生制度規定，但是實際上沒有按規定操作。在HACCP計劃中，我們將危害分析、關鍵控制點確定、關鍵控制限量的確定作為HACCP的研究階段。后的每一關鍵控制點的監測系統的建立和運行，驗證程序的建立和運行，記錄和文件保存系統的建立和運行作為HACCP的應用實施階段。 
    二、HACCP實施不能完全代替成品檢驗 
    由于可能HACCP未得到合理充分實施，以及HACCP也不是一個零風險體系，因此，大多數不同意因為采納HACCP管理，而無成品檢驗。由于成品檢驗能在一定程度上驗證HACCP的實施情況，同時也是產品上市前的一個監督方法，故應適當保留。