內部審核通過且整改完成后，企業可以向認證機構提交認證申請。申請材料一般包括企業營業執照副本復印件、組織機構圖及知識產權管理團隊名單、知識產權管理制度文件、知識產權清單（專利、商標、軟件著作權等）、知識產權管理運行記錄（如會議紀要、培訓記錄、內部審核報告等）、試運行期間的改進措施記錄、認證申請表及相關聲明文件等。企業務必確保申請材料真實、完整、規范，避免因材料缺失或錯誤導致審核延誤。

認證機構收到申請材料后，會對其進行評審，評估企業的基本情況及認證可行性。若申請材料符合要求，認證機構將受理申請，并與企業簽訂認證合同。之后，認證機構會組建審核組，制定審核計劃，并通知企業審核時間等安排。審核組通常由具備豐富知識產權知識和管理經驗的專業人員組成，他們將依據相關標準和文件，對企業知識產權管理體系運行情況進行現場審核。

現場審核是認證過程中的關鍵環節，審核組將到企業現場，通過文件審查、現場觀察、人員訪談等方式，對知識產權管理體系的運行情況進行全面細致的審查。審核人員會檢查企業知識產權管理制度的執行情況，如專利申請是否按照規定流程進行，商標使用是否規范等；觀察企業在日常運營中對知識產權的管理和運用情況，如研發部門如何進行技術創新和知識產權保護，市場部門如何進行商標推廣和品牌維護等；與企業不同部門的員工進行訪談，了解他們對知識產權管理體系的認知和執行情況。審核結束后，審核組會撰寫審核報告，指出企業存在的問題及改進建議。

若審核中發現不符合項，企業需在規定時間內完成整改，并向認證機構提交整改報告。認證機構會根據審核情況及企業整改結果作出認證決定，若企業通過審核，認證機構將頒發知識產權管理體系認證證書；若未通過，企業需按照要求進一步整改，整改合格后可重新申請審核 。

獲得認證證書后，企業還需接受認證機構的定期監督審核，一般每年進行一次，以確保知識產權管理體系持續有效運行。企業要持續關注知識產權法律法規和政策的變化，不斷完善知識產權管理體系，加強員工培訓，提升知識產權管理水平，持續發揮知識產權管理體系認證帶來的優勢，為企業的創新發展和市場競爭提供有力保障。