第三步：內部審核與管理評審在體系運行一段時間后，企業需要組織內部審核，對體系的符合性和有效性進行全面檢查，識別存在的問題和不符合項，并及時進行整改。內部審核通過后，由最高管理者主持進行管理評審，對體系的整體運行情況、能源績效及改進方向進行評價，確保體系的持續適宜性、充分性和有效性。
第四步：選擇機構與提交申請當企業自評體系運行良好后，即可選擇一家具備國家認可資質（如CNAS）的權威認證機構，提交正式的認證申請。在選擇時，可以綜合考慮其行業經驗、服務質量和市場聲譽等因素。同時，按要求向認證機構提供企業概況、營業執照、體系文件、能源評審報告等必要資料。
第五步：接受認證審核認證機構受理申請后，會與企業確定現場審核日期。審核通常分為兩個階段進行：
第一階段審核（文件審核）：主要評估企業體系文件與標準的符合性，以及現場的基本準備情況，識別潛在的薄弱環節。
第二階段審核（現場全面審核）：這是核心環節，審核組會深入企業現場，通過查閱記錄、訪談人員、觀察操作、核實數據等方式，對體系的全面實施和運行效果進行詳細核查。
第六步：整改與獲證現場審核結束后，認證機構會出具審核報告，列出發現的不符合項。企業需要在規定的時間內完成整改，并提交整改證據供認證機構驗證。所有不符合項均關閉后，認證機構將進行最終的認證決定。如果評定合格，企業即可獲得有效期為三年的能源管理體系認證證書。在證書有效期內，認證機構會每年進行定期的監督審核，以確保體系的持續有效運行。
