第一階段，從農墾系統啟動的基礎建設階段(1990-1993年)

    1990年，綠色食品工程在農墾系統正式實施。在綠色食品工程實施后的三年中，完成了一系列基礎建設工作，主要包括：在農業部設立綠色食品專門機構，并在全國省級農墾管理部門成立了相應的機構；以農墾系統產品質量監測機構為依托；建立起綠色食品產品質量監測系統；制訂了一系列技術標準；制訂并頒布了《綠色食品標志管理辦法》等有關管理規定；對綠色食品標志進行商標注冊；加入了“有機農業運動國際聯盟”組織。與此同時，綠色食品開發也在一些農場快速起步，并不斷取得進展。1990年綠色食品工程實施的當年，全國就有127產品獲得綠色食品標志商標使用權。1993年全國綠色食品發展出現第一個高峰，當年新增產品數量達到217個。

    第二階段，向全社會推進的加速發展階段(1994年-1996年)

    一階段綠色食品發展呈現出五個特點：

    (1)產品數量連續兩年高增長。1995年新增產品達到263個,超過1993年最高水平1.07倍；1996年繼續保持快速增長勢頭，新增產品289個，增長9.9％。

    (2)農業種植規模迅速擴大。1995年綠色食品農業種植面積達到1700萬畝，比1994年擴大3.6倍，1996年擴大到3200萬畝，增長88.2％。

    (3)產量增長超過產品個數增長。1995年主要產品產量達到210萬噸,比上年增加203.8％，超過產品個數增長率4.9個百分點；1996年達到360萬噸，增長71.4％，超過產品個數增長率61.5個百分點，表明綠色食品企業規模在不斷擴大。

    (4)產品結構趨向居民日常消費結構。與1995年相比，1996年糧油類產品比重上升53.3％，水產類產品上升35.3％，飲料類產品上升20.8％，畜禽蛋奶類產品上升12.4％。

    (5)縣域開發逐步展開。全國許多縣(市)依托本地資源，在全縣范圍內組織綠色食品開發和建立綠色食品生產基地，使綠色食品開發成為縣域經濟發展富有特色和活力的增長點。

    第三階段，向社會化、市場化、國際化全面推進階段(1997年至今)

    綠色食品社會化進程加快主要表現在：中國許多地方的政府和部門進一步重視綠色食品的發展；廣大消費者對綠色食品認知程度越來越高；新聞媒體主動宣傳、報道綠色食品；理論界和學術界也日益重視對綠色食品的探討。

    綠色食品市場化進程加快主要表現在：隨著一些大型企業宣傳力度的加大，綠色食品市場環境越來越好，市場覆蓋面越來越大，廣大消費者對綠色食品的需求日益增長，而且通過市場的帶動作用，產品開發的規模進一步擴大。綠色食品國際市場潛力逐步顯示出來，一些地區綠色食品生產企業生產的產品陸續出口到日本、美國、歐洲等國家和地區，顯示出了綠色食品在國際市場上的強大競爭力。