體系文件的結構可以參照環境管理體系文件的結構。

　　例如對于一個小型企業，職能設置相對簡單，環境因素較少且環境管理工作復雜程度不高，即可根據需要將手冊和程序文件合并或將程序文件和作業指導書合并，這樣可以更加方便管理，而對于大型的企業集團，例如雖是集中一貫制管理，但部門龐大機構設置繁雜，或集團下設多個分公司并謀求統一認證，其環境管理體系文件可以設置多級結構，例如程序文件便可分為公司一級和部門一級，在這方面已通過認證的寶鋼集團、科龍集團、上海大眾汽車有限公司等均進行了有益的探索和嘗試。

　　環境管理體系文件結構化設置的每一層次均應發揮其各自的功能和作用。

　　環境管理手冊是用來闡明組織的環境方針，提供重大環境因素、目標指標方案、適用法律法規，明確環境管理組織機構與職責，簡要描述17個體系要素和它們之間的相互關系，是組織環境管理體系的高度概況，為環境管理工作提供指南及綱領，使得體系保持相對穩定性。將其提供給中高層管理者可以明確體系概貌、各部門的職責及相互關系，以便統一分工及協調管理；將其用于內部審核或外部審核，可以使審核人員抓住體系的要旨和脈絡；手冊還為體系文件提供總體的指南及索引；部分企業也將手冊提供給相關方，向社會宣傳企業的環境管理工作及業績。

　　程序文件應包含環境管理體系中一個邏輯上相對獨立的內容，可以是環境管理體系的一個要素（如信息交流程序）或要素中的一個部分（如環境因素識別程序）或幾個環境管理體系要素相互關聯的一組活動（如廢棄物管理程序），為其規定控制要點，使體系中該方面的活動處于程序化、文件化的受控狀態，這就避免了由于缺乏文件化管理而造成的經驗主義，偶然得失，使得要做的工作具體而明確，程序文件可以看作是企業內部強制執行的法規性文件，程序文件是手冊的支持性文件。

　　作業指導書側重于對操作性崗位或某一局部活動的規定，可以分為管理操作式和崗位工藝流程分解式，它是對程序文件的展開、補充及細化，一個程序文件可以有若干個作業指導書來支持。

　　記錄為環境管理體系提供見證性和可追溯性。

　　以上各級文件應給出相應下級文件的路徑來，比如手冊應給出程序文件的路徑，程序文件應給出相應作業指導書的路徑，手冊、程序文件、作業指導書可以分別給出記錄的路徑。

　　環境管理體系的文件化在體系的建立、運行和保持中起著舉足輕重的作用，這就要求組織在環境管理體系建立之初即對文件編寫工作給予足夠的重視，體系運行和維護階段不斷完善文件以適應變化的條件并履行持續改進的承諾，同時記錄下來體系實施和運行的重要信息，為環境管理體系的運行提供依據和見證。