級別不同。有機食品無級別之分，有機食品在生產過程中不允許使用任何人工合成的化學物質，而且需要3年的過渡期，過渡期生產的產品為“轉化期”產品。
　　
　　綠色食品A級和AA級兩個等次。A級綠色食品產地環境質量要求評價項目的綜合污染指數不超過1，在生產加工過程中，允許限量、限品種、限時間的使用安全的人工合成農藥、獸藥、魚藥、肥料、飼料及食品添加劑。AA級綠色食品產地環境質量要求評介項目的單項污染指數不得超過1，生產過程中不得使用任何人工合成的化學物質，且產品需要3年的過渡期。
　　
　　無公害食品不分級，在生產過程中允許使用限品種、限數量、限時間的安全的人工合成化學物質。


　　認證機構不同。在我國，有機食品的認證機構有兩家最具權威性。一是國家環境保護總局有機食品發展中心，它是目前國內有機食品綜合認證的權威機構，其次是中國農科院茶葉研究所，該所是目前國內茶葉行業中認證最具權威性。另外亦有一些國外有機食品認證機構在我國發展有機食品的認證工作，如德國的BCS。
　　
　　綠色食品的認證機構在我國惟一的一家是中國綠色食品發展中心，該中心負責全國綠色食品的統一認證和最終審批。
　　
　　無公害食品的認證機構較多，目前有許多省、市地區的農業管理主管部門都進行了無公害食品的認證工作，但只有在國家工商局正式注冊標識商標或頒發了省級法規的前提下，其認證才有法律效應。
　　
　　認證方法不同。在我國，有機食品和AA級綠色食品的認證實行檢查員制度，在認證方法上是以實地檢查認證為主，檢測認證為輔，有機食品的認證重點是農事操作的真實記錄和生產資料購買及應用記錄等。A級綠色食品和無公害食品的認證是以檢查認證和檢測認證并重的原則，同時強調從土地到餐桌的全程質量控制，在環境技術條件的評價方法上，采用了調查評價與檢測認證相結合的方式。