我國(guó)有機(jī)食品認(rèn)證都起到了積極作用，但目前有機(jī)食品認(rèn)證也存在不少問(wèn)題。 第一，部分有機(jī)食品生產(chǎn)企業(yè)重認(rèn)證、輕貫標(biāo)和咨詢。與國(guó)外同類標(biāo)準(zhǔn)相比，目前，我國(guó)《有機(jī)產(chǎn)品》標(biāo)準(zhǔn)（GB／T19630－2005）在一定程度上對(duì)生產(chǎn)企業(yè)的農(nóng)業(yè)質(zhì)量管理體系要求更高。而農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者特別是農(nóng)民，在質(zhì)量體系文件編制方面的力量很薄弱，且受有機(jī)農(nóng)產(chǎn)品咨詢專家數(shù)量和咨詢費(fèi)用的限制，部分有機(jī)農(nóng)產(chǎn)品的生產(chǎn)單位重認(rèn)證結(jié)果、輕咨詢工作，僅邀請(qǐng)質(zhì)量認(rèn)證咨詢專家編寫質(zhì)量管理文件，卻很少向生產(chǎn)和加工技術(shù)專家咨詢，結(jié)果造成“兩張皮”：寫的是一套，做的是另一套，導(dǎo)致真正的有機(jī)生產(chǎn)技術(shù)水平并不高。 第二，有機(jī)食品認(rèn)證工作自身的難度較大。有機(jī)食品生產(chǎn)是一項(xiàng)集管理、技術(shù)、誠(chéng)信和環(huán)保于一體的系統(tǒng)工程。有機(jī)生產(chǎn)倡導(dǎo)不使用化學(xué)合成的肥料、農(nóng)藥、生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑和畜禽飼料添加劑等物質(zhì)，也不采用基因工程獲得的生物及其產(chǎn)物。相對(duì)于其他傳統(tǒng)安全食品認(rèn)證特別重視終端產(chǎn)品的認(rèn)證而言，有機(jī)食品則強(qiáng)調(diào)從育種、播種、病蟲草害防治、收獲、加工、運(yùn)輸?shù)戒N售的全過(guò)程監(jiān)控，并通過(guò)完整的記錄體系來(lái)實(shí)施追蹤審查。因有機(jī)食品生產(chǎn)自身的特殊性、復(fù)雜性，造成了有機(jī)食品認(rèn)證的工作量大、難度系數(shù)和風(fēng)險(xiǎn)