符合《歐洲有機法案》的其它有機肥料和礦物質肥料僅可補充使用。輪作中的固氮植物、綠肥植物和深根植物、有機農業動物源經濟肥不能滿足植物營養或不能保證滿足需要時，才可補充使用。為了激活堆肥腐熟過程，保持與提高土壤肥力和生物活性，可以使用適合的植物源原料或非轉基因微生物原料，也允許使用所謂的“生命活力添加劑”，其本質上為礦粉、動物源經濟肥料或植物。使用需獲得監控機構的認可。只要所涉成員國有規定，允許非轉基因微生物原料普遍使用于農業，也可將它們用于改善土壤整體關系、改善土壤營養物質的吸收和植物生長。
    5  有機農業的植物保護
    必須優先使用病蟲害綜合防治措施治理病蟲草害。具體措施有：適合植物種類和品種的選擇；合理的輪作制；機械性的土壤處理；幼苗的焚燒；通過昆蟲幼體的人工孵化，人工巢箱的懸掛，自然天敵的釋放，創建合適生態關系，保護益蟲，防治病蟲害雜草。只有栽培植物存在著某種直接威脅，才允許使用《歐洲有機法案》中規定的產品。
    6  有機農業方式的野生植物采集
    在野外、森林、農用土地上自然出現的可食性野生植物及其部分器官的采集，也可作為有機農業生產范疇，需要滿足下列要求：在相關植物采集時刻的前3年中，此土地上沒有使用過未收錄在《歐洲有機法案》的肥料和農藥；采集活動不影響自然景觀以及此物種在該地域的生存。
     7  有機農業食用菌栽培的培養劑要求
    允許使用的有機農業食用菌培養劑配制成份：來自有機農業生產實體的農產品（如秸稈）；非化學處理過的腐殖質；砍伐后未經化學處理的木料；收錄在《歐洲有機法案》中的礦物質、水和土壤；來源于有機農業生產實體的廄肥、堆肥和動物糞尿；在上述產品不能供應的情況下，允許使用其它生產方式產生的廄肥、堆肥和動物糞尿，但它們需滿足《歐洲有機法案》附件的相應要求[見9.5食用菌培養劑特例]，成分的最高重量百分比為25%（加水前所有培養劑的重量計算，覆蓋物質除外）。
    8  有機農業植物生產的“轉型”
    8.1  “轉型”的一般內涵
    農業生產實體從常規農業轉型從事有機農業的轉型期中，必須遵守有機農業基本規程和相應的實施規定，只允許使用收錄在《歐洲有機法案》的特定農藥、肥料、土壤改良劑等，符合規定范圍和使用方式。不允許使用轉基因生物及其衍生物。
    種植土地的產品和牧地的飼料收獲前至少經歷兩年轉型期，多年生植物土地的有機農產品首次收獲前至少需要3年。轉型期最早始于：生產實體在監控機構登記生產活動并納入監控操作程序的時刻。收獲時轉型時間至少為12個月的產品可以標注“有機農業轉型期產品”。轉型期后符合《歐洲有機法案》的有機農產品允許使用有機標志。