有機(jī)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)強(qiáng)調(diào)優(yōu)先使用當(dāng)?shù)刭Y源，優(yōu)化在同一土地上多種植物和動(dòng)物對(duì)資源的利用。這種時(shí)間和空間上生物多樣性的管理，是農(nóng)民對(duì)農(nóng)業(yè)系統(tǒng)的生產(chǎn)性“投入”。 

　　農(nóng)民在多種層次上同時(shí)是生物多樣性的管理者和用戶。基因?qū)哟危菏走x使用本地的種子和品種，本地品種有較高的抗病性，對(duì)當(dāng)?shù)貧夂蛴休^高的適應(yīng)性。物種層次：動(dòng)植物多樣化的組合，優(yōu)化農(nóng)業(yè)生產(chǎn)體系內(nèi)部養(yǎng)分和能量的循環(huán)。生態(tài)層次：維護(hù)農(nóng)田及其周圍區(qū)域的自然性質(zhì)，不使用化學(xué)投入物，營(yíng)造適合野生動(dòng)植物的生活環(huán)境。依靠自然控制的方法，保持生物多樣性，避免害蟲由于化學(xué)防治所產(chǎn)生的選擇抗藥性。 

　　有機(jī)農(nóng)業(yè)與土壤生態(tài)系統(tǒng)有機(jī)農(nóng)業(yè)強(qiáng)調(diào)依靠土壤的自然肥力牞采用作物輪作、生物共生、種植綠肥作物、使用有機(jī)肥和減少耕作等措施。長(zhǎng)期采用有機(jī)農(nóng)業(yè)方法，可以顯著增加土壤中生命體的數(shù)量和種類，如有益節(jié)肢動(dòng)物、蚯蚓、共生生物和細(xì)菌等，特別是一些瀕臨滅絕的土壤物種。有“生命力”的土壤有如下作用：無脊椎動(dòng)物（如蚯蚓等）分解植物殘?bào)w，有利于養(yǎng)分、氧氣和水分循環(huán)。微生物（如細(xì)菌和真菌）將作物不可利用的營(yíng)養(yǎng)元素分解為有效養(yǎng)分，促進(jìn)養(yǎng)分循環(huán)，降解有毒物質(zhì)。在有機(jī)農(nóng)業(yè)系統(tǒng)中，較高的生物量和微生物種群密度，提高了土壤碳元素的保持力。 

　　有機(jī)農(nóng)業(yè)與農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)在有機(jī)農(nóng)業(yè)系統(tǒng)中，必須加強(qiáng)作物自身的抗病性和害蟲天敵的作用。作物輪作是土壤管理的基礎(chǔ)，是害蟲治理和土壤肥力管理的工具。輪作、間作、建立“作物－樹木－動(dòng)物” 綜合生產(chǎn)體系這些技術(shù)措施，為有益生物提供了棲息地，吸引害蟲天敵和授粉昆蟲到系統(tǒng)中棲息、繁衍。通過促進(jìn)當(dāng)?shù)刂参锖蛣?dòng)物的相互作用來保護(hù)農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)。生物多樣性的有機(jī)農(nóng)場(chǎng)對(duì)改善農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)有如下作用，氮循環(huán)：在輪作中種植豆科植物和其他固氮植物（如苜蓿）固定空氣中的氮。共生和寄生：共生生物（如菌根）在吸收養(yǎng)分和減少病原菌侵害方面扮演最重要的角色；寄生可用于對(duì)蟲害的生物控制。捕食：捕食性天敵和被捕食昆蟲間的內(nèi)部競(jìng)爭(zhēng)可以將害蟲控制于一定水平之下。傳粉：由于在有機(jī)農(nóng)場(chǎng)改善了棲息地的環(huán)境，不使用化學(xué)農(nóng)藥，傳粉昆蟲數(shù)量下降的勢(shì)頭得到控制。很多農(nóng)作物和開花植物必須由昆蟲（蜜蜂、蝴蝶、甲殼蟲）和其他動(dòng)物傳粉。 

　　有機(jī)農(nóng)業(yè)與自然保護(hù)在有機(jī)農(nóng)業(yè)系統(tǒng)中，保護(hù)與農(nóng)田相鄰周圍的自然植被是通常的做法，給多種昆蟲的天敵、野生動(dòng)物、鳥類和其他野生生物提供可替代的食物和棲息地。有機(jī)農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境對(duì)保護(hù)野生生物起到如下作用：按有機(jī)農(nóng)業(yè)方式生產(chǎn)，農(nóng)田的生物多樣性和植物生物產(chǎn)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于常規(guī)種植；由于大量的食物來源和棲息地，豐富了有機(jī)農(nóng)田的生物區(qū)系，例如有機(jī)農(nóng)業(yè)對(duì)阻止地面孵化的鳥類種類的下降起著積極作用；在農(nóng)田占支配地位的地區(qū)，按有機(jī)農(nóng)業(yè)要求設(shè)置緩沖帶，對(duì)保護(hù)野生動(dòng)物十分重要。