綠色食品只在我國得到認可，國際上尚無此概念，而有機食品在國際上已被普遍接受。
   二、生產和加工標準不同
   為保證有機產品的質量，保護和鼓勵生產者進行有機產品生產，防止非有機產品假冒有機產品的行為，國際上相繼出臺了有機產品生產和加工標準，作為進行檢查和認證的依據。國際有機農業運動聯盟（IFOAM）于1980年開始制定有機產品生產基本標準，為國家和地區標準的制定提供了框架，也為認證機構提供了必須執行的最底標準。各認證機構的標準不能寬于而只能嚴于IFOAM標準，如美國允許在加工過程中使用過氧化氫，而歐盟則禁止使用；歐盟允許在加工過程中使用活性炭，而美國則不允許。目前，國際食品法典委員會（Codex alimentarius）制定的有機食品標準，歐盟、美國、日本等國家和地區的有機食品法規，各有機農民協會以及有機食品認證機構的有機食品標準，都是參照IFOAM基本標準制定的。中國認證機構國家認可委員會（CNAB）制定的《有機產品生產和加工認證規范》已于2003年8月發布實施。
   目前，我國農業部門頒布的綠色食品標準包括產地環境質量標準、生產技術標準、產品標準、包裝標準和認證準則標準。
   三、原理和方法不同
   有機食品強調對生產全程的管理，其理論依據是好的過程必定有好的結果；而綠色食品特別注重生產環境和產品的檢測結果。
   有機食品認證主要是對生產方法、生產過程的認證（包括產品的處理），不要求以產品測試作為證據；有時，測試結果只用來證明某種產品沒有按照有機產品的標準進行生產。有機食品認證強調使用農場自產的天然物質，限制使用農場外的天然物質，限制使用農場外的天然物質，并要求根據作物的需求量使用，不允許污染環境；而綠色食品在這些方面未作嚴格規定。
    四、生產基地要求不同
   綠色食品生產基地必須生態環境良好，沒有直接工業污染，空氣環境的污染物濃度限值達到國家一級標準，農田灌溉水質達到國家二級標準，土壤中有毒有害物質底于一定的容量要求。
   有機食品生產基地應是邊界清晰、所有權和經營權明確的農業生產單元，且需選擇空氣清潔、水質純凈、土壤未受污染、具有良好生態環境的地區。。其各項指標應達到國家相關標準，如符合國家大氣環境質量標準，生產用水（農田灌溉用水、漁業用水、畜禽用水及食品加工用水）符合國家標準，土壤耕性良好、無污染，不得建在廢水污染和固體廢棄物排放周圍2—5千米的的范圍內，設置緩沖帶并有效防止來自有機食品生產區域外部的偶然污染（如風吹等）。