綠色食品是1990年由我國農業部發起的。其目的是根據我國國情，通過開發無污染的安全、優質、營養類食品，保護和改善生態環境，提高農產品及其加工品的質量。1996年，中國綠色食品發展中心在國家工商行政管理局完成了綠色食品標志圖形、中英文及圖形、文字組合等4種形式（包括9大類、32種商品）的商標注冊工作。截至1998年底，我國開發的綠色食品覆蓋了中國農產品分類標準中的7個大類、29個分類，包括糧油、蔬菜、果品、畜禽蛋奶等，生產總量達到840萬噸。同時，綠色綠色食品市場已初顯成效：北京、上海、天津、哈爾濱、南京等大中城市相繼建立了綠色食品專業營銷網點和流通渠道，一部分綠色食品已進入日本、美國、中東等國家和地區的市場。
   綠色食品只在我國得到認可，國際上尚無此概念，而有機食品在國際上已被普遍接受。
   二、生產和加工標準不同
   為保證有機產品的質量，保護和鼓勵生產者進行有機產品生產，防止非有機產品假冒有機產品的行為，國際上相繼出臺了有機產品生產和加工標準，作為進行檢查和認證的依據。國際有機農業運動聯盟（IFOAM）于1980年開始制定有機產品生產基本標準，為國家和地區標準的制定提供了框架，也為認證機構提供了必須執行的最底標準。各認證機構的標準不能寬于而只能嚴于IFOAM標準，如美國允許在加工過程中使用過氧化氫，而歐盟則禁止使用；歐盟允許在加工過程中使用活性炭，而美國則不允許。目前，國際食品法典委員會（Codex alimentarius）制定的有機食品標準，歐盟、美國、日本等國家和地區的有機食品法規，各有機農民協會以及有機食品認證機構的有機食品標準，都是參照IFOAM基本標準制定的。中國認證機構國家認可委員會（CNAB）制定的《有機產品生產和加工認證規范》已于2003年8月發布實施。
   目前，我國農業部門頒布的綠色食品標準包括產地環境質量標準、生產技術標準、產品標準、包裝標準和認證準則標準。
   三、原理和方法不同
   有機食品強調對生產全程的管理，其理論依據是好的過程必定有好的結果；而綠色食品特別注重生產環境和產品的檢測結果。
   有機食品認證主要是對生產方法、生產過程的認證（包括產品的處理），不要求以產品測試作為證據；有時，測試結果只用來證明某種產品沒有按照有機產品的標準進行生產。有機食品認證強調使用農場自產的天然物質，限制使用農場外的天然物質，限制使用農場外的天然物質，并要求根據作物的需求量使用，不允許污染環境；而綠色食品在這些方面未作嚴格規定。