根據《中華人民共和國認證認可條例》（以下簡稱《條例》）規定，經國家認證認可監督管理委員會（以下簡稱國家認監委）和國家環境保護總局（以下簡稱國家環保總局）共同研究決定，國家環保總局原開展的有機食品認證認可管理工作交由國家認監委管理。為此，國家認監委和國家環保總局向各有關認證機構及認證培訓、咨詢機構聯合下發了《關于有機食品認證認可管理工作移交事項的通知》。
通知指出，我國有機食品的認證工作在環保部門和社會各界的努力下正在逐步開展，已成為保護生態環境和提高食品質量安全水平的一個有效手段。為了統一規范和管理我國的認證認可工作，按照《條例》規定，國家環保總局將其原對有機食品認證認可的管理工作交由國家認監委負責。
    通知要求凡2003年9月30日前取得國家環保總局有機食品認可委員會頒發的有機食品認證資格證書及其他相關資質的有機食品認證機構、認證培訓機構和認證咨詢機構，應按照《條例》和國家認監委的有關規定，于2004年5月底前向國家認監委申請辦理機構審批確認手續。獲得國家認監委批準的認證機構、認證培訓機構以及具有注冊檢查員資格的人員，按照規定程序向中國認證機構國家認可委員會（CNAB）和中國認證人員與培訓機構國家認可委員會（CNAT）提出認可證書和注冊證書確認的申請。
    對于目前暫不能達到《條例》第十條規定的認證機構基本條件或相關認可條件要求的已開展有機食品認證的認證機構，考慮其歷史原因，給予一年的過渡時間。在一年的過渡期限內仍未能達到要求的，根據規定將終止其開展有機食品認證的機構的資質。
通知還要求自公布之日起，國家環保總局原有機食品認可委員會不再受理與有機食品認證認可相關的資格審查（認可）和注冊等工作；國家環保總局原發布的有機食品認證管理規章不再執行。
    在此之前，國家環保總局有機食品認可委員會已經受理資格申請、尚未完成資格審查的有機食品認證機構，可以在2004年5月底以前按照《條例》和國家認監委的有關規定，向國家認監委申請辦理認證機構的審批手續，經過批準后，按照相關程序和規定，再向CNAB申請認可。
    根據建立統一認證認可制度的總體框架和國際有機產品發展情況，國家認監委正在制訂有機產品認證管理辦法，并將啟用新的有機產品認證標志。考慮到目前已有許多企業、單位在其產品標簽、標識上正在使用國家環保總局已設計的有機食品標志，為減少企業損失，作為過渡性措施，允許這些企業、單位在2004年12月31日之前可以繼續使用原有標志。