1. 申請
    1) 申請人提出正式申請，向COFCC分中心領(lǐng)取《有機食品認(rèn)證申請表》（一式二份）、《有機食品認(rèn)證調(diào)查表》（一式二份）和《有機食品認(rèn)證書面資料清單》、《有機食品生產(chǎn)技術(shù)準(zhǔn)則》等文件。
    2) 申請人填寫《有機食品認(rèn)證申請表》、《有機食品認(rèn)證調(diào)查表》并準(zhǔn)備《有機食品認(rèn)證書面資料清單》中要求提供的文件。
    3)申請人按《有機食品生產(chǎn)技術(shù)準(zhǔn)則》的要求，建立本企業(yè)的質(zhì)量管理體系、生產(chǎn)操作規(guī)程和質(zhì)量信息追蹤體系。
    2. 預(yù)審、審查并制定初步的檢查計劃
    1) 分中心對申請人材料進行預(yù)審。預(yù)審合格，申請人將有關(guān)材料拷貝給COFCC。
    2）COFCC根據(jù)申請人提供的項目情況，估算檢查時間（一般需要2次檢查：生產(chǎn)過程一次、 加工一次）。
    3) COFCC根據(jù)檢查時間和認(rèn)證收費管理細則，制定初步檢查計劃、估算認(rèn)證費用。
    4) COFCC綜合審查并做出“何時”進行檢查的決定。
    5) COFCC向申請者寄發(fā)《受理通知書》、《有機食品認(rèn)證檢查合同》(簡稱《檢查合同》)，同時通知分中心。
6) 當(dāng)審查不合格，COFCC通知申請人且當(dāng)年不再受理其申請。
3. 簽訂有機食品認(rèn)證檢查合同
    1) 申請人確認(rèn)《受理通知書》后，與COFCC簽訂《檢查合同》。
    2) 根據(jù)《檢查合同》的要求，申請人繳納相關(guān)費用的50%，以保證認(rèn)證前期工作的正常開展。
    3) 申請人指定內(nèi)部檢查員（生產(chǎn)、加工各1人）配合認(rèn)證工作，并進一步準(zhǔn)備相關(guān)材料。
    4. 實地檢查評估
    1) 全部材料審查合格以后，COFCC確定有資質(zhì)的檢查員進行實地檢查。檢查員從COFCC或其分中心處取得申請人相關(guān)資料，依據(jù)《有機食品生產(chǎn)技術(shù)準(zhǔn)則》的要求，對申請人的質(zhì)量管理體系、生產(chǎn)過程控制體系、追蹤體系以及產(chǎn)地、生產(chǎn)、加工、倉儲、運輸、貿(mào)易等進行實地檢查評估。
    2) 必要時，檢查員可對水、土、氣及產(chǎn)品抽樣，由檢查員和申請人共同封樣送指定的質(zhì)檢機構(gòu)檢測。
    5. 編寫檢查報告
    1) 檢查員完成檢查后，按COFCC要求編寫檢查報告。
    2) 檢查員在檢查完成后兩周內(nèi)將檢查報告送達COFCC。
    6. 綜合審查評估意見
    1）COFCC根據(jù)申請人提供的申請表、調(diào)查表等相關(guān)材料以及檢查員的檢查報告和相關(guān)檢驗報告等進行綜合審查評估，填寫頒證評估表，提出評估意見。
    2）COFCC將評估意見報頒證委員會審議。
    7. 頒證決議
    頒證委員會定期召開頒證委員會工作會議，對申請人的基本情況調(diào)查表、檢查員的檢查報告和認(rèn)證中心的評估意見等材料進行全面審查，做出同意頒證、有條件頒證、有機轉(zhuǎn)換頒證或拒絕頒證的決定。證書有效期為一年。