綠色食品生產過程控制是綠色食品質量控制的關鍵環節，綠色食品生產過程標準是綠色食品標準體系的核心。綠色食品生產過程標準包括兩部分：生產資料使用準則和生產操作規程。

　   1、生產資料使用準則

　　生產資料使用準則是對生產綠色食品過程中物質投入的一個原則性的規定，它包括農藥、肥料、獸藥、水產養殖用藥、食品添加劑和飼料添加劑的使用準則。

　　 ⑴、生產綠色食品農藥使用準則

　　綠色食品生產應從作物－病蟲草等整個生態系統出發，綜合運用各種防治措施，創造不利于病蟲草害孳生和有利于各類天敵繁衍的環境條件，保持農業生態系統的平衡和生物多樣化，減少各類病蟲草害所造成的損失。

   準則中的農藥被禁止使用的原因有如下幾種：

   ①高毒、劇毒，使用不安全；
   ②高殘留，高生物富集性；
   ③各種慢性毒性作用，如遲發性神經毒性；
   ④二次中毒或二次藥害，如氟乙酰胺的二次中毒現象；
   ⑤三致作用，致畸、致癌、致突變；
   ⑥含特殊雜質，如三氯殺螨醇中含有DDT；
   ⑦代謝產物有特殊作用，如代森類代謝產物為致癌物ETU(乙撐硫脲)；
   ⑧對植物不安全、藥害；
   ⑨對環境、非靶標生物有害。

   對允許限量使用的農藥除嚴格規定品種外，對使用量和使用時間作了詳細的規定。對安全間隔期(種植業中最后一次用藥距收獲的時間，在養殖業中最后一次用藥距屠宰、捕撈的時間稱休藥期。)也作了明確的規定。為避免同種農藥在作物體內的累積和害蟲的抗藥性，準則中還規定在Ａ級綠色食品生產過程中，每種允許使用的有機合成農藥在一種作物的生產期內只允許使用一次，確保環境和食品不受污染。

   ⑵、生產綠色食品的肥料使用準則

   綠色食品生產使用的肥料必須是：一是保護和促進使用對象的生長及崐其品質的提高；二是不造成使用對象產生和積累有害物質，不影響人體健康；三是對生態環境無不良影響。規定農家肥是綠色食品的主要養分來源。

   準則中規定生產綠色食品允許使用的肥料有七大類26種在AA級綠色食品生產中除可使用Cu、Fe、Mn、Zn、B、Mo等微量元素及硫酸鉀、鍛燒磷酸鹽外，不使用其它化學合成肥料，完全和國際接軌。A級綠色食品生產中則允許限量地使用部分化學合成肥料(但仍禁止使用硝態氮肥)，以對環境和作物(營養、味道、品質、和植物抗性)不產生不良后果的方法使用。

   ⑶、生產綠色食品的其它生產資料及使用原則
   生產綠色食品的其它主要生產資料還有獸藥、水產養殖用藥、食品添加劑、飼料添加劑等，它們的正確合理使用與否，直接影響到綠色食品畜禽產品、水產品、加工品的質量。如獸藥殘留影響到人們身體健康，甚至危及生命安全。為此中國綠色食品發展中心制訂了《生產綠色食品的獸藥使用準則》、《生產綠色食品的水產養殖用藥使用準則》、《生產綠色食品的食品添加劑使用準則》、《生產綠色食品的飼料添加劑使用準則》，對這些生產資料的允許使用品種、使用劑量、最高殘留量和最后一次休藥期天數作出了詳細的規定，確保綠色食品的質量。