如果組織規定對每個管理體系進行2次/年的內部審核，加上認證機構至少1次/年的監督審核，則一年之中組織要實施九次內外部體系審核，即使1次/月也要占去9個月的時間，給獲得認證的組織造成沉重的運行負擔。


     如果組織的質量、環境、職業健康安全管理的主管部門不同，三個管理體系各自獨立的運行和維護，則三個管理體系實施過程中許多管理工作會發生重復，例如：培訓計劃制定和實施、文件修改、發放和評審、記錄管理、法律法規收集和符合性評價、現場和作業管理、日常監督檢查、緊急情況預防、不符合糾正、內部審核、管理評審等，有時甚至相互矛盾，需要花費許多精力用于協調。


     如果組織具有三套獨立的QMS、EMS、OHSMS文件系統，則現場文件量大，文件管理難度也大，最困難的是文件管理職能不統一，文件管理要求不一致，使現場作業人員極易混淆。


     如果組織培養的內審員也分成質量、環境、安全衛生各個專業，內審員在日常管理中各司其責，缺乏溝通和交流，主管職能部門之間各自為政，缺乏合作和協調，則組織的內部管理效率必將降低。


     在2000年之前，由于國內OHSMS認證尚未開始，組織同時申請GB/T19001-2000idt，ISO90001-2000、GB/T24001-1996idtISO14001-1996、GB/T28001-2001（OHSAS18001-1999）認證尚不可能。但自2001年開始，一些已經具有質量管理體系、環境管理體系認證資格的機構，具備了職業健康安全管理體系認證的資格，兩個甚至三個管理體系的一體化認證成為可能。所謂一體化認證是指認證機構派出一個審核組，由具備質量、環境、職業健康安全管理體系雙重或三重資格的國家注冊審核員組成，通過一次審核（EMS和OHSMA一般分為兩個階段現場審核），就能夠給組織頒發質量、環境、職業健康安全兩張或三張認證證書。組織采用這種認證審核方式將大大節省國際標準認證的人力、時間資源投入和資金消耗。


    如果組織規定對每個管理體系進行2次/年的內部審核，加上認證機構至少1次/年的監督審核，則一年之中組織要實施九次內外部體系審核，即使1次/月也要占去9個月的時間，給獲得認證的組織造成沉重的運行負擔。