最后，通過以上幾個方面的對比和觀察，企業從參選的對象中選擇出較為滿意的咨詢機構作為合作伙伴。
　　選擇認證機構的方式和側重點有所不同。企業在體系運行一段時間后可以向認證機構提出認證申請。我國的認證機構均需要通過國家的批準和認可，并接受有關部門的監督。相對于咨詢機構，認證機構要規范和權威。但認證機構之間也存在著差異，這種差異不僅表現在行業特點上，還表現在品牌、信譽、服務水平、市場占有率等方面的競爭也很激烈。截止到2000年年底，經CNACR認可的認證機構（含分支機構）就有60家。那么怎樣選擇合適的認證機構呢？可以從以下幾個方面考慮：
　　1、認證機構經批準或認可的業務范圍。企業當前的認證需求認證機構必須有資質滿足（可向認證機構索取相關文件證明），這是基本條件。除此之外，企業要考慮將來的需要，比如說企業現在正在貫徹ISO9000標準，那么今后隨著企業的發展是否會導入ISO14000環境管理體系、OHS－AS18000職業安全衛生管理體系等其他管理體系呢？如有這種可能，則應該選擇具備多項認證資質的認證機構。
　　2、認證機構的服務質量。認證機構是一種中介服務機構，提供的服務水平由于管理水平、歷史、經濟實力等因素不同而有較大的差異。一般地說，品牌好、知名度大的認證機構比較注重自身形象和服務質量。
　　3、由于各認證機構大多數按國家規定的收費標準收取認證費用。因而除極個別認證機構（其中一部分是未經認可的）會惡性降價競爭外，大多數認證機構的報價相差無幾。既然收費相近，企業就應選擇信譽好、知名度大、規模業績最好的認證機構。
　　4、最好不要把選擇認證機構的權力交給咨詢機構。就象前面所說的，咨詢機構一般在企業獲證后即撤出，而企業獲證只是認證工作的開始。獲證后企業每年都要接受認證機構的監督審核或復評。所以說企業最好自主選擇適合于自身的認證機構。
　　5、綜合地考慮認證費用。除了收費報價外，企業還應考慮審核組的食宿、差旅費（基本上所有的認證機構都規定這些費用由企業承擔）以及獲證后日常的聯絡工作的便利情況。
　　總之，如何選擇咨詢、認證機構是企業自主決策的問題，貨比三家，準備充分，總能得到滿意的結果。