三、現場審核過程中的文件審核
因受審核方的管理體系文件的數量與詳略程度取決于受審核方規模、性質與復雜程度，因此文件審核時調閱的范圍、層次及數量與受審核方的規模、性質與復雜程度有關。此外，對文件充分性的判斷也需要結合受審核方規模、性質與復雜程度，因此文件審核時調閱的范圍、層次及數量與受審核方的規模、性質與復雜程度有關。此外，對文件充分性的判斷也需要結合受審核方規模、性質與復雜程度做出，因此，在現場審核過程中，應繼續進行深入的管理體系文件審核。
現場審核過程中，除對管理手冊和（或）涉及食品安全方針目標、組織結構、職責、食品安全小組成員及職責的文件、程序文件繼續進行審核外，還要通過人員溝通、現場觀察、文件和記錄審查等方式，充分了解受審核方管理體系文件，更加切合實際地分析文件的充分性。其重點審核包括管理手冊和（或）涉及食品安全方針目標、組織機構、職責、食品安全小組成員及職責的文件、程序文件、前提方案、操作性前提方案、HACCP計劃、原輔料及終產品特性描述、工藝流程圖及工藝要求說明、操作規程、食品安全管理制度、食品安全管理制度、食品安全記錄等相關文件。
對管理文件的符合性作進一步審核，進一步審核，進一步了解和確認管理體系文件是否完全符合國家相關食品安全法規及標準要求，了解和確認文件與受審核方組織規模、性質和復雜程度的適宜性以及審核目標及范圍的一致性，了解和確認文件是否覆蓋了審核目標及范圍內相關技術要求等等。
有關食品安全管理體系文件，如管理手冊和（或）涉及食品安全方針目標、組織結構、職責、食品安全小組成員及職責的文件、程序文件、前提方案、操作性前提方案、HACCP計劃、食品安全相關的管理體系文件等，其充分性和適宜性的總體結論，也應在現場審核之后得出。
四、再認證或監督審核的文件審核
再認證或監督審核也必須對文件進行審核，重點審核管理體系文件變化的情況，如文件變化后是否符合國家相關食品安全法律法規和標準要求，與受審核方的組織規模、性質和復雜程度的適宜性以及審核目標及范圍的一致性，是否充分覆蓋了審核目標及范圍的一致性，是否充分覆蓋了審核目標及范圍內相關技術要求。有關變化的管理體系文件可能包括：管理手冊和（或）涉及食品安全方針目標、組織機構、職責、食品安全小組成員及職責的文件、程序文件、前提方案、操作性前提方案、HACCP計劃、食品安全相關的技術文件等，其充分性和適宜性的總體結論，同樣要在現場審核之后得出。