應收集充足的證據，以便判定受審核方的EMS是否合乎審核準則。
審核證據的收集應來自面談、文件審閱和對活動與情況的觀察。應對偏離EMS審核準則的表現作出記錄。
面談取得的信息應通過從獨立的來源獲取支持信息予以核實，獨立來源包括觀察、記錄和現有的測試結果。對無未能核實的信息應給以標識。
審核員應對有關的取樣方案與程序進行審查，以確保取樣與測量過程的有效質量控制。
在現場審核時可以按環境管理體系的核心因素來審核，這些因素應包括：
─    環境方針和法律要求；
─    環境因素的確定和評審；
─    環境影響的評價；
─    環境目標、指標及管理方案的實施狀況；
─    環境體系的文件化程序；
─    對生產操作進行的控制；
─    對糾正和預防措施的躍進情況等。
在審核中除了通過面談、觀察和審閱文件等方法來收集證據外，還應充分利用有關事實的可驗證信息來源如測量和試驗結果以取得支持信息，并應對現場審核所獲得的大量數據的準確性和恰當性進行分析評價；同時還應受審核方環境管理體系活動中的有關抽樣方案的依據和程序進行審查，以確保受審核方環境管理體系活動部份的抽樣和測量過程的有效控制。
例如，在識別廢物的污染問題，可以考慮去尋找現場有沒有如下情況：
─    廢物錯放在有標簽的料車中；
─    未經分離的廢物（減少循環利用的可能性）；
─    可循環利用的廢物卻沒有被循環利用；
─    丟棄了有用的物質；
─    有傾倒垃圾的跡象；
─    廢物料車上未貼標簽（有可能將料放錯）；
─    料車未蓋蓋子（可能被風吹入雜物或雨水進入）；
─    料車沒有放穩（剩余的垃圾和濾液可能流到地面）。
在審核水體的排放時，可以考慮以下情況：
─    廢水被排放到哪些地表水體或水管中？環境敏感性的程序如何？有什么潛在影響、腐蝕、淤泥沉積、障礙物？國家河流管理部門對地表水所規定的級別是多少？下游用水的目的是什么？
─    用什么樣的處理裝置或系統來減少水在排放時產生的污染？采用什么化學物質？用來進行處理的化學物質的成份是什么？處理的實施情況如何？什么時候進行維護？有什么措施可防止污水的溢出？
─    排放到地表水和污水管中的廢物的污染是什么？在加工過程中？材料貯存階段？
─    在以下的排放情況中，環境會受到什么損害？
─    正常情況   異常情況    緊急情況
─    發生什么事件會使地表水體或污水系統的質量受到影響？
─    發生什么重大溢漏會影響地表水體或下水系統？
─    是否有起訴或警告發生？
─    在對管理層的審核時，應考慮詢問：
─    管理者對環境管理體系的理解和承諾；