有機生產基地建設的科學性是從提高系統綜合生產力和經濟效益的角度加以提倡的。生態農業在我國經過20年的發展，已取得了巨大的成績，全國已有100多個生態農業示范縣，而且有許多非常成功的生態村、生態農場，形成了眾多的農林牧副漁綜合生產的生態農業模式，生態系統的整體、協調、循環、再生的原理得到充分的應用，極大地提高了系統的綜合生產力和經濟效益。而生態農業與有機農業的理論基礎都是生態學，它們的主要區別只有對外界物資的投入上要求不一樣。 因此，有機農業生產基地的建設完全可以在我國生態農業的基礎上進行，將生態農業的模式因地制宜地應用于有機生產基地的規劃建設中，這樣，就可大大提高基地的科技含量，同時，也可提高其生產力與經濟效益。


二.    生產與市場開拓相結合。


有機食品作為安全、優質、健康的環保產品，越來越受到人們的青睞，有機產品價格也普遍高于常規品種30%~50%，甚至翻幾倍，但高價格的實現要以市場接受為前提。因此，在基地建設過程中，要同時考慮市場開拓問題，這正是很多生產基地面臨的難題。目前，有機生產通常有兩種情況：一是一些貿易公司、加工龍頭企業持有有機食品的出口訂單，再組織農戶或農場進行生產；二是政府鼓勵農民或農場先進行有機生產轉換，再尋找市場。前者不存在眼前的市場問題，也是很多生產基地所期待的生產組織方式，而后者則經常具有盲目性。因此，有機生產基地建設者必須具備很強的市場意識，要充分考慮產品的市場前景，做好產品的營銷策劃（如選擇出口、主供國內大都市市場或基地周邊的當地市場、直銷或家庭配送等方式），否則很容易遭受挫敗。從目前情況來看，盡管我國有機產品仍然以國際市場為主，但國內市場也已經啟動，并處于較快的發展時期，北京、上海、南京等地的超市、專賣店已在銷售蔬菜、茶葉、大米等類別的有機食品，銷售量、需求量在快速增加，因此，國內市場和生產基地的周邊市場不可忽視。


三.    經濟、環境、社會三大效益相結合。


實現經濟、環境、社會三大效益是各種可持續農業方式的共同目標。在有機農業基地建設過程中，生產、管理人員要有實現三大效益的主觀意識。


環境效益，包括對基地的綠化美化、建造豐富多彩的田園景觀，保護野生生物和生物多樣性，保護土地和水資源，盡量減少裸地，避免水土流失，減少面源污染等。而且，保護好農業生態環境，是消費者愿意花高價購買有機食品、以激勵農民從事有機生產的原因之一。


經濟效益是有機生產極為重要的目標，一方面要通過種養結合、循環再生、多層利用的農業生態工程方式來降低生產和成本、提高基地的整體生產力。另外一方面，通過較高的價格回報來實現高的經濟效益，高價格是有機農業高經濟效益的重要保障。