產品的微生物學的特性要必須保證。如活性酵母、乳酸菌等，這是產品質量的基礎。而微生物污染指標必須嚴于國標的限定。例如菌落總數，大腸菌群、致病菌、糞便大腸桿菌、霉菌等微生物污染指標嚴于國標，達到或接近同類產品的國外先進標準或國際標準。 

經農業部審查批準，綠色食品玉米、大米等二十項標準作為中華人民共和國行業標準予以發布。
各項標準的編號、名稱如下:

綠色食品標準

（一）NY/T418--2000......綠色食品..玉米

（二）NY/T419--2000......綠色食品..大米

（三）NY/T420--2000......綠色食品..花生（果、仁）

（四）NY/T421--2000......綠色食品..小麥粉

（五）NY/T422--2000......綠色食品..白砂糖

（六）NY/T423--2000......綠色食品..鮮梨

（七）NY/T424--2000......綠色食品..鮮桃

（八）NY/T425--2000......綠色食品..獼猴桃

（九）NY/T426--2000......綠色食品..柑桔

（十）NY/T427--2000......綠色食品..哈密瓜

（十一）NY/T428--2000....綠色食品..葡萄

（十二）NY/T429--2000....綠色食品..黑打瓜籽

（十三）NY/T430--2000....綠色食品..食用紅花籽油

（十四）NY/T431--2000....綠色食品..番茄醬

（十五）NY/T432--2000....綠色食品..白灑

（十六）NY/T433--2000....綠色食品..植物蛋白飲料

（十七）NY/T434--2000....綠色食品..果汁飲料

（十八）NY/T435--2000....綠色食品..水果、蔬菜脆片

（十九）NY/T436--2000....綠色食品..果脯

（二十）NY/T437--2000....綠色食品..醬腌菜

　　以上各項標準自2001年4月1日起實施。原《NY227-1994微生物肥料》行業標準中的有關技術內容與本次發布的行業標準規定的技術內容不一致的，以本次發布的標準規定為準。



(四)綠色食品包裝、標簽及儲運標準 

1．產品包裝標準

食品包裝是指為了在食品流通過程中保護產品、方便儲運、促進銷售，按照一定的技術方法而采用的容器、材料及輔助物的總稱。

綠色食品產品包裝指包裝材料選用的范圍、種類，包裝上的標識內容等。要求按照《中國綠色食品商標標志設計使用規范手冊》規定，對綠色食品的標準圖形、標準字形、圖形和字體的規范組合、標準色、編號、廣告用語等規范應用作了具體規定。