第三、有機方法種植的作物產量肯定比現代種植的產量低。應該承認，在有機農業生產體系建立期間（有機轉換期間），有機作物的產量通常會比常規作物的產量低。但從長遠來看，一旦建立良性的有機農業生產體系，有機生產的作物產量并不一定會比常規作物產量低，整個有機體系的生產力一定高于常規體系的生產力。而且產量高低也是一相對的概念，通過超過系統可承受的外部物資的投入來獲得過高的產量并不是有機農業追求的目標。    
 第四、有機農業和作物品質低、營養差。現在人們通常認為，由于在有機農業生產中不允許使用化學肥料，作物在生長中營養元素供應不夠，因此作物長勢肯定不好，產品質量肯定差。有機農業強調種植業的平衡，以及有機生產體系內養分的循環和補充，通過有機生產措施培肥土壤肥力，建立待續的作物營養物質供應體系。因此一旦有機農業生產體系建成，并形成良性循環，作物在生長中可以從系統中獲得充分的完全營養，而常規作物生產通常僅重視少數幾種營養元素的供應，一些作物生長的必需營養物質難以得到補充，導致產品的口味和營養不好，因此有機種植的作物品質不會比常規的作物差，相反有機生產的產品其口感好、味道正是人們的普遍常識。    
  第五、有機食品一定是無污染，不含化學殘留物質。食品是否有污染物質是一個相對的概念。自然界中不存在絕對不含任何污染物質的食品。隨著高精密分析儀器的檢測限的提高，自然界中即使再優質的食品，也或多或少地含有一些污染物質應該說，有機食品中污染物質的含量比普通食品低。但有機食品并不是絕對無污染。強調有機食品的無污染特性，僅會導致人們過份重視對環境和終產品的污染狀況的分析，而忽視對整個生產過程的全程質量控制。    
 第六、有機農業生產僅僅是簡單地用有機肥替代化肥的使用。為了替代化肥，在有機生產中需要使用大量的有機肥。如果不注意有機肥和科學施用方法和用量，例如過量使用或過多使用時間不恰當，其后果不僅要影響作物的生長，還會影響作物的品質，使作物易受病蟲害和危害，也會造成環境污染。    
 第七、有機農業勞動力投入多，成本高。應該承認，有機農業所需的勞動力投入要比常規農業投入多得多，特別表現在利用農業廢棄物時的勞動力投入。有機農業生產充分利用了農業系統的廢棄物，減輕了對環境的污染，從而減小了社會用于治理環境污染所花費的費用，減輕了由于環境污染對人體健康和社會造成的直接和間接經濟損失。人們在計算有機農業和常規農業的投入時，往往忽視了這些投入的真正價值。