1.1  具體負責的政府機構
    由歐盟成員國確定的“具體負責的政府機構”是有機農業認證認可的國家權力機關。它對私立的“質量檢查認證機構”實施認可和監察制度，授權和認可有機農業“負責檢查的政府機構”。成員國頒布細則，規范企業納入監控操作的程序、遵守《歐洲有機法案》的措施、繳納有機認證和監控產生的費用等。成員國尤其要采取切實有效的措施，加強有機農業動物養殖和肉制品生產和流通的可回溯追綜管理，在養殖、屠宰、肢解等加工、包裝與標簽、銷售的產業鏈物流中，實現有機農業產品的全程監控和食品產業鏈的有效管理，確保符合《歐洲有機法案》。
    1.2  監控機構
    “負責檢查的官方機構”和“質量檢查認證機構”是有機農業的認證和監控機構。監控機構實施監控操作程序，對納入監控操作程序的有機農產品生產、加工和進（出）口企業實施監控。
    《歐洲有機法案》對監控機構規定了下列義務和責任：對有機農業企業實施監控，保證企業至少實施了監控操作程序的檢查和預防措施；質量檢查認證機構必須保證向具體負責的政府機構開放業務活動的場所、設施，有回答詢問和支持工作的義務；最遲每年的1月31日，質量檢查認證機構向具體負責的政府機構呈交在上年末處于其監控的企業目錄，提交年終報告；監控機構在標簽、生產規程和監控操作程序的實施過程中，確定了不符合要求的情況，必須取消所涉分裝貨物或所涉全部產品的有機標志；在確定明顯的違規或產生后果的違規后，與具體負責的政府機構商定期限，在此期限前，取消所涉企業有機標志產品的市場銷售。
    1.3  有機農業企業
    有機農業產品的生產、加工和進（出）口企業為有機農業企業。《歐洲有機法案》對有機農業企業承擔的義務做了明確要求；保證向成員國“具體負責的政府機構”登記所從事的活動，登記企業名字和地址、實施活動的位置及具體田塊、產業鏈環節和產品類型、標簽措施、生產規程、貿易措施、最后一次使用未收錄在《歐洲有機法案》產品的日期：提供相關監控機構名字；聲明納入在監控操作程序。
    2  有機農業監控操作程序的一般規程
    2.1  最低檢查要求
    和成員國實施措施相一致的《歐洲有機法案》最低檢查要求，必須保證各層次有機農業產品的可回溯追綜，保證《歐洲有機法案》的實施。
    2.2  企業的認證準備
    企業執行有機農業規程，進行有機農業的有效監控和管理，并在監控機構登記生產經營活動的時刻，是企業納入監控操作程序的開始時刻。監控機構進行首次認證檢查前，納入監控操作程序企業必須首先完成下列事宜：完整提供對生產單元、生產設施及生產活動的“描述性報告”；明確所有“具體措施”，以保證在生產單元和設施、產業鏈各個層次執行《歐洲有機法案》規定；簽署一份“聲明書”，描述性報告和具體措施必須屬于聲明書的一部分；聲明書中還必須保證實施標簽的規定、生產規程、監控操作程序和產品進口歐盟規定，并聲明：同意在違反規定或非常情況下，必須取消所涉分裝貨物或全部產品的有機標志和納入監控操作程序的標注；書面通知產品購買者，確保取消所涉及批次所有產品的有機標志。企業簽署的聲明書必須由監控機構審核并出具“報告書”，指出聲明書中的不足和改進意見，企業必須在報告書上署名，并采取所有要求的改進措施。描述性報告、具體措施、不同來源產品的特殊規程中規定的認證準備材料發生任何改變，所涉企業必須按規定時間呈報監控機構。