2.3  檢查監察
    在對有機農業企業進行首次檢查后，監控機構必須對企業的生產單元、加工單元或其它工場每年至少做一次全面督。為了檢查不符合《歐洲有機法案》的物品或工藝，監控機構可以采樣檢測。如遇有懷疑則必須采樣，進行檢測。每次檢查應當出具“檢查報告”，并由被檢查單元的負責人或代表署名。監控機構可隨機地、無需事先告知地進行檢查。重點對存在非有機產品的可能污染和混淆，以及可能危險的企業和環節進行檢查。
    2.4  造冊登記
    在有機農業企業的單元或設施內必須建立臺帳制度，設有“物品登記帳冊”和“財務記帳冊”，企業、監控機構能從帳冊中了解到下述情況：送貨者、產品銷售者、產品出口者；所有買進物品的種類、數量及其使用；所有有機農業產品在離開單元或第一收貨人的記錄，包括產品種類、數量、收貨人和購買者；監控機構認為有用的信息。帳冊內容必須附有票據材料。從帳冊中必須能得出投入和產出間的關系。
    2.5  產品包裝和產品在加工環節中的運輸
    有機農業產品僅在有合適的包裝、容器或其它工具的情況下運輸，產品的密封能保證所含物質不被混淆，標牌和隨貨單應包含企業及產品所有權人或出售人的名稱和地址、符合有機標志規定的商品名稱、相關監控機構的名稱及代碼、可能的批次貨登記號，依據隨貨單能夠有序明確地安排產品包裝、產品容器或其它運輸工具，隨貨單必須包括供貨人及運輸企業的信息。對密閉封裝不作要求的情況有：產品在納入監控操作程序的企業間運輸，而且產品伴有詳細信息的隨貨單，并且向發貨人和收貨人的監控機構都做了呈報并得到許可。
    2.6  產品倉貯
    在有機農業的生產、加工和貿易的產業鏈中，產品倉貯是十分重要的環節，進行可回溯追綜管理、實現有機農業產品的全程監控、保證產品質量和安全不受影響是倉貯的基本原則。在任何情況下都可以明確認定倉貯的批次貨，都必須避免非有機農業產品的污染或混淆。
    2.7  可疑產品的處理
    如果某企業認為或懷疑：由它生產的、加工的、進口的或由另一企業引進的某一產品沒有滿足《歐洲有機法案》要求，應撤除所涉產品的有機標志，或另外歸類并做相應標識。如果其不再標有有機標志可進入市場流通。在排除懷疑后，該企業才可對它們加工、包裝，進行有機標志后投放市場。在存在疑問的情況下，該企業應立即通知監控機構。如果監控機構有理由懷疑，某企業故意把不符合《歐洲有機法案》要求的產品標以有機標志投放市場，可對該企業發出指令：標有有機標志的產品暫時不準投放市場。如果懷疑得到確認，監控機構可責成企業撤除所有該產品的有機標志，不準繼續使用有機標志。如果懷疑得不到確認，在監控機構確定的期限內將取消上述指令。在澄清事實的過程中，該企業需向監控機構提供所要求的所有支持與幫助。