審核員要注意組織的內審程序不僅要規定“實施”和“報告”的職責和要求，還應該考慮“策劃”和“保持記錄”的職責和要求，不僅要對內審的范圍、頻率和方法作出規定，對內審準則也應作出規定。
    審核員應注意考察組織如何保證參與審核的內審員的能力和公正性。對于中小組織而言，審核的獨立性可以通過內審員獨立于被審核活動體現，審核員不能強制要求組織的內審員不準審核自己部門的工作。
    4.6條款。審核員應考查組織是否按計劃的時間進行管理評審。
    審核員應考查組織管理評審的輸入輸出是否包括標準中規定的全部內容，因為1996版標準對管理評審的規定沒有使用輸人輸出的概念，也沒有規定評審輸入輸出的具體內容。
審核員應注意組織有無評審體系改進的機會，這是標準的新要求。
    審核員應注意標準對管理評審的記錄要求只是針對管理評審的結果，而不是1996版標準規定的整個管理評審過程。
雖然新版標準的變化不大，但審核員需要深刻領會這些變化，并把握得恰如其分，從而在審核中充分體現標準的要求，避免出現不必要的尷尬。

    ISO 14001：2004標準（以下簡稱新版標準）于2004年11月15日發布后，國際認可論壇（IAF）為了適應認證審核的需要，在與國際標準化組織（ISO）協商的基礎上，在（IAF GD4：2004 IAF：關于獲得認可的認證從ISO14001：1996到ISO 14001：2004的轉換計劃》中規定：到2006年5月15日，所有基于ISO 14001：1996標準而頒發的證書將全部失效，新證書將全部基于新版標準。IAF還規定了兩個階段的轉化期：第一階段為準備期，時間為新版標準發布后6個月，組織可以自己決定采用新版標準或舊版標準。準備期也便于各個國家的標準組織將這個國際標準轉化為采用本國語言的國家標準。第二階段為轉換實施期，時間為準備期后的12個月，這期間所有的認證審核都要采用新版標準。對認證組織而言，這個階段主要是通過正常的監督審核確定組織對新版標準的符合性。中國認證機構國家認可委員會（CNAB）也在《CNAB—AG 32：2005：認證機構實施依據新版GB／Y 24001國家標準的環境管理體系認證的轉換指南》有類似規定。